Journal of Next Generation Sequencing & Applications suit un système d'examen par les pairs en double aveugle. L'examinateur ne connaît pas l'identité de l'auteur, et l'auteur ne connaît pas l'identité de l'examinateur. Il y a au moins trois relecteurs ou plus pour le nombre total d'articles dans chaque numéro. Le magazine est destiné à être publié par des professionnels cliniques, médicaux ou de santé, des étudiants, des professionnels et des chercheurs, ainsi que des groupes professionnels et des institutions.
Chaque manuscrit soumis est géré pour un contrôle de qualité préliminaire par le bureau éditorial, suivi d'un processus d'examen externe par des pairs. Habituellement, le contrôle de qualité préliminaire se termine dans les 7 jours et reste principalement en référence au formatage de la revue, à l'anglais et à la portée de la revue.